Mit lizenzierten Flugzeugen wie der F-14D und dem Tornado F3 sowie einem strategischen KI-System, bei dem der Verlauf der Aktionen des Spielers direkt seine Missionsziele beeinflusst, ermöglicht Ace Combat X: Skies of Deception dem Spieler, die Rolle eines As-Piloten zu übernehmen, der versucht, sein Heimatland Aurelia von seinem Nachbarn Leasath zu befreien.
Ein Land voller verborgener Motive hinter langwierigen inneren Konflikten, hat Leasath Aurelia überfallen und unter seine Kontrolle gebracht.
Als Verteidiger des überfallenen Landes besteht die Aufgabe des Spielers darin, in die Kampfluft aufzusteigen, um den Feind zu besiegen und Freiheit sowie Frieden in seine Heimat zurückzubringen.
Zur Abrundung der Funktionen erlaubt Ace Combat X: Skies of Deception den Spielern, ihre Originalflugzeuge mit im Kampagnenmodus freigeschalteten Teilen anzupassen, um ihr Flugerlebnis weiter zu verbessern.