Mankind Divided spielt unmittelbar nach dem Ereignis „Aug-Vorfall“, an dem Tag, an dem Bürger weltweit mit mechanischen Verstärkungen die Kontrolle über Geist und Körper verloren und Millionen Unschuldiger starben. Wir schreiben nun das Jahr 2029, und das goldene Zeitalter der Verstärkungen ist vorbei.
Mechanisch verstärkte Menschen gelten als Außenseiter und sind von der übrigen Gesellschaft isoliert. Verbrechen und Terrorakte dienen dazu, eine weltweite Verschwörung zu verschleiern, die darauf abzielt, die Zukunft der Menschheit zu kontrollieren.