Project Origin ist ein Schießspiel aus der Ich-Perspektive, das stark auf seine unheimliche und bedrückende Atmosphäre setzt. Diese Fortsetzung von F.E.A.R. beginnt direkt nach den Ereignissen des ersten Spiels, als ein Team der Spezialeinheiten eine Routineeinsatz in Auburn durchführt.
Die Stadt wird plötzlich von einer übernatürlichen Explosion erschüttert. Es gibt nur eine mögliche Erklärung: Alma ist wütend, und dieses Mal wird das kleine Mädchen nichts auf ihrem Weg verschonen.