Firefly Sumpf ist am Sterben, und die Frösche des Ältestenrats haben Frogger gebeten, ihn zu retten!
Dazu muss Frogger eine anstrengende Reise unternehmen, um die heiligen Gegenstände zu sammeln, die zum Erhalt des Sumpfes notwendig sind.
Diese Gegenstände wurden vom bösen Herrn D gestohlen und in vier gefährliche Welten verteilt.
Frogger muss jede Welt bereisen, um die gestohlenen Gegenstände zurückzuholen und die bösen Handlanger von Herrn D zu besiegen. Erst dann kann er den Froschtempel betreten, um dem hinterhältigen Herrn D gegenüberzutreten.