30 Jahre und 32 Millionen verkaufte Exemplare weltweit, der kleine Roboter kehrt für neue Abenteuer zurück.
Der hinterhältige Dr. Wily ist mit einem neuen teuflischen Plan zurück. Zum Glück hat Dr. Light, der geniale Erfinder von Mega Man, eine Möglichkeit gefunden, die Fähigkeiten seines gerechten Roboters mit einem kraftvollen Prototyp, dem „Doppelgetriebesystem“, zu steigern, der es erlaubt, die Zeit zu verlangsamen und den übermächtigen Mega Buster aufzuladen.