30 Jahre und 32 Millionen verkaufte Exemplare weltweit, der kleine Roboter kehrt für neue Abenteuer zurück.
Der hinterhältige Dr. Wily ist mit einem neuen teuflischen Plan zurück.
Glücklicherweise hat Dr. Light, der geniale Erfinder von Mega Man, eine Möglichkeit gefunden, die Fähigkeiten seines gerechten Roboters mit einem kraftvollen Prototyp, dem „Doppelgetriebesystem“, zu verbessern, das die Zeit verlangsamt und den übermächtigen Mega Buster auflädt.