Vier Jahre nach Guns of the Patriots arbeitet Raiden nun für eine private Militärsicherheitsfirma namens „Maverick Security Consulting“. Während die Welt eigentlich ihre Bürgerkriege überwunden haben sollte, wird sie von neuen Angriffen robotischer Gruppierungen heimgesucht.
Ein mächtiger Cyborg namens Sam gelingt es sogar, den Premierminister der Republik Abchasien zu ermorden. Sam beschuldigt Raiden, nur ein blutdürstiger Heuchler zu sein, und versucht seinerseits, ihn zu töten.
Schnell zeigt eine Untersuchung, dass Sam für eine private Militärfirma namens „Desperado Enterprises“ arbeitet, die mit der Invasion der Hauptstadt der Republik begonnen hat, wo sich amerikanisch-russische Interessen vermischen. Die Firma Maverick Security wird gebeten, ihre Männer zu entsenden, um eine kompromisslose Befreiung der Hauptstadt zu ermöglichen. Raiden, nun mit neuen Fähigkeiten ausgestattet, nimmt seinen Dienst wieder auf und bereitet seine Rache vor?
