Solid Snake kehrt zurück in Metal Gear Solid 2: Substance, der erweiterten Ausgabe von Metal Gear Solid 2: Sons of Liberty, mit ganz neuen Spielarten, versteckten Figuren und Handlungssträngen. Die Technologie streng geheimer Waffen wird auf geheimnisvolle Weise unter dem Schutz eines Öltankers zu einem unbekannten Ziel transportiert. Es liegt an Snake, den Transport zu infiltrieren und zu verhindern, dass diese tödliche Massenvernichtungswaffe in falsche Hände gerät. Du hast viele Möglichkeiten, dich zu üben, denn das Spiel bietet über 350 Missionen in der virtuellen Wirklichkeit sowie mehr als 15 alternative Einsätze.