Metroid Prime ist ein Actionspiel aus der Ich-Perspektive, in dem Sie in die Rolle der berühmten Kopfgeldjägerin Samus schlüpfen.
Ein unbekannter Stoff namens Phazon stürzt auf den Planeten Tallon IV und vernichtet dort die Tier- und Pflanzenwelt.
Weltraumpiraten versuchen, den Phazon zu kontrollieren, und Samus versucht, sie daran zu hindern.