Shao Kahn ging als Sieger aus dem vorherigen Mortal Kombat hervor. Das Reich der Erde existiert nicht mehr.
In Mortal Kombat 3 müsst ihr erneut gegen die Schützlinge von Shang Tsung sowie gegen eine gefürchtete Gegnerin, Königin Sindel, antreten.
Neue Bewegungen und die Möglichkeit zu rennen wurden diesem Teil hinzugefügt, der die Trilogie auf dem Super Nintendo abschließt.
