Eine ganz neue Geschichte beginnt, in der Naruto verschiedenen Herausforderungen gegenübersteht, um das Dorf des verborgenen Blattes und die umliegenden Dörfer vor der bösen Macht zu schützen, die versucht, sie zu beherrschen.
Eine alte Organisation, von der man glaubte, sie sei aufgelöst, ist noch aktiv und sucht nach Kugeln, um einen mechanischen Schrecken wiederzubeleben. Nun liegt es an Naruto und allen Genin des verborgenen Blattes, sich mit denen des verborgenen Sanddorfes zu verbünden, um diese Bedrohung aufzuhalten.