Prinzessin Peach wurde im Rollenspiel Paper Mario: Das Jahrtausendtor auf dem Gamecube erneut entführt. Mario macht sich daher auf, sie zu befreien.
Der Spieler trifft auf Außerirdische, die Xnauts, die das Ziel haben, den Schatz hinter dem Jahrtausendtor zu erlangen und seine Macht zu nutzen, um die Welt zu beherrschen. Zahlreiche Geheimnisse gilt es zu entdecken.