Rainbow Islands ist ein Plattformspiel, in dem Bub und Bob, die beiden Helden von Bubble Bobble, am Ende ihres vorherigen Abenteuers wieder zu Menschen geworden sind und nun die Regenbogeninseln vor einer Bande von Ungeheuern retten müssen.
Man muss springen und seine Kraft einsetzen, um Regenbögen zu erschaffen, während man sich durch die sieben Welten des Spiels bewegt, die jeweils in vier Stufen unterteilt sind.