Basierend auf der klassischen Arcade-Reihe Rainbow Islands spielt Rainbow Islands Revolution erneut auf den sogenannten Regenbogeninseln, wo Bub und Bob nun im Schatten eines bösen Plattenlabels stehen, das das Ökosystem mit ständigem, massenhaft produziertem Gesang verschmutzt.
Nur Bub und Bob haben die Erfahrung, sich dem Plattenlabel und seinen sieben Chefs zu stellen und so den Weg für ein ganz neues Abenteuer zu ebnen.
Jede Stufe ist eine Insel, die langsam ins Meer versinkt, und der Spieler muss den Gipfel jeder Stufe erreichen, indem er auf Plattformen springt und die markanteste Eigenschaft des Spiels nutzt: die Fähigkeit, feste Regenbögen zu erzeugen, die sowohl als Standplattformen als auch als Waffe dienen.