Risen 2 spielt nach der Verwüstung der Welt durch die Titanen, die die Menschheit fast vollständig vernichtet haben. Eine neue Gefahr taucht aus den tiefsten Ozeanen auf. Ungeheuerliche Wesen greifen alle Arten von Schiffen an und hindern die Bewohner daran, ihre Boote zu benutzen.
Das Spiel beginnt, als der berühmte namenlose Held sich auf die Suche nach einem verschwundenen Schiff begibt. Unterwegs trifft er eine alte Bekannte, Patty, die immer noch nach ihrem Vater sucht. Gemeinsam machen sie sich auf die Suche nach einer Reliquie, die die Meere von den Bedrohungen aus den abgründigen Tiefen befreien kann, die die fantastische Welt von Risen 2 bedrohen.