In der vergifteten und vom Krieg zerrissenen Atmosphäre von Nu Earth ist Rogue Trooper ein genetischer Infanterist, der Teil einer Eliteeinheit biologisch entworfener Klontruppen ist, geschaffen, um die feindliche Atmosphäre des Planeten zu überwinden und ungehindert im Kampf gegen den Feind, die Republik des Nordens, zu agieren.
Nachdem er den Verrat und die Vernichtung seines Teams beim Massaker in der Quarz-Zone miterlebt hatte, wurde Rogue abtrünnig und entschlossen, den Verräter zu verfolgen, der seine Kameraden in den Tod geschickt hat. Bewaffnet mit den neuesten experimentellen Waffen verschafft Rogues Arsenal ihm einen entscheidenden Vorteil gegenüber seinen Gegnern;
Bioprozessoren, die die digitalisierten Persönlichkeiten seiner im Kampf gefallenen Kameraden enthalten, sind in seiner Waffe, seinem Helm und seinem Rucksack gespeichert, wobei jeder seine einzigartige Fachkenntnis und Unterstützung bietet, sodass Rogue strategisch einen hochentwickelten Feind überlisten kann.
Das Spiel ist eine Mischung aus intensiven Aktionen aus der dritten Person und neuartigen Schleichelementen, mit einer komplexen künstlichen Intelligenz im Visier, mehreren Spielwegen, einer vollständigen taktischen Nutzung deiner Ausrüstung, die durch Bioprozessoren gesteuert wird, sowie einem Online-Spielmodus sowohl für Einzelspieler als auch Mehrspieler.
