Die Hüter der Zeit haben die Ankunft von Flynn und den Himmelswächtern vorausgesehen und bitten sie um Hilfe, um herauszufinden, warum die Zeit selbst immer wieder zurückläuft.
Als der Zeitenturm plötzlich die Zeit selbst zurückdreht, trifft Flynn auf sein vergangenes Ich, und die beiden freunden sich sofort an, bevor sie in die Gegenwart zurückkehren.
Vor Ort entdecken der Hauptzeitwächter und die beiden Flynns, dass der böse Vogel der Gegend, Cluck, mit einer Armee von Zeit-Trollen die Uhrenstadt übernommen hat, nachdem er von ihnen eine neue mechanische Rüstung erhalten hat, die den Zeitenturm zu seinem neuen Zuhause macht.
Trotz der Gefahren rund um die Uhrenstadt gelingt es den Himmelswächtern, drei bunte Zahnräder aus den alten Nestern von Cluck zu bergen, die nötig sind, um in den Zeitenturm einzudringen und den bösen Vogel aufzuhalten.
Drinnen stellen sie sich Cluck im Uhrenturm und besiegen ihn, wodurch seine mechanische Rüstung zerstört wird. Cluck schwört Rache, während er unbeholfen aus dem Zeitenturm davonfliegt.
Als die Zeit wieder richtighergestellt ist, trennen sich der gegenwärtige Flynn und der Flynn aus der Vergangenheit und kehren in ihre jeweiligen Zeiten zurück, wobei sie sich darauf einigen, dass „das Universum nur eine begrenzte Anzahl großartiger Dinge gleichzeitig ertragen kann“ und dass sie beide die Besten sind.
