(Sehr) inspiriert von der Reihe Monster World, bietet Super Adventure Island II erneut die Möglichkeit, die kleine rundliche Figur Meister Higgins zu steuern.
In einem spielerischen Ablauf, der sich am Rollenspiel orientiert, muss er von Insel zu Insel auf seinem kleinen Floß reisen, dann an Land gehen und die Aktionsphase des Spiels bestreiten, das heißt Sprung- und Abenteuerabschnitte in Seitenansicht.
Higgins muss in jedem Abschnitt versteckte Gegenstände in Truhen finden und sich gegen kleine widerspenstige Säugetiere behaupten.