Es sind drei Jahre vergangen, seit MEGATRON und die DECEPTICONS die Welt zuletzt bedroht haben. Die Anführer der Erde glauben, dass MEGATRON nach seiner Niederlage vom Planeten geflohen ist, doch OPTIMUS PRIME weiß es besser.
Eine außerirdische Übertragung wird abgefangen, die MEGATRONs Plan enthüllt, Chaos und Furcht unter den Menschen zu verbreiten, und den letzten DECEPTICON-Auftragsmörder entfesselt: SHOCKWAVE!
Die AUTOBOTS müssen MEGATRON jagen, SHOCKWAVE außer Gefecht setzen und ihre neue Heimat vor der völligen Vernichtung durch die DECEPTICONS bewahren.