18世紀。北アメリカ。20年以上にわたる争いの末、13のアメリカ植民地とイギリス王室は血みどろの戦争の瀬戸際に立っている。戦線はすでに敷かれている。
血の惨劇は避けられない。破壊された村の灰の中から新たな暗殺者が現れる。モホーク族とイギリス人の混血である彼の自由への戦いは、革命の炎の中で始まる。
モホーク族の母とイギリス人の父を持つコナーは、アメリカ独立戦争の中心に巻き込まれる。正義と自由を愛する彼は、自国を守り、テンプル騎士団と対峙しなければならない。
ジョージ・ワシントンやラファイエットなどの歴史的人物と共に、彼はこの革命の根幹を揺るがす謎を解き明かしていく…