18世紀の北アメリカ。フレンチ・インディアン戦争の混乱と暴力の中で、若き勇敢な暗殺者教団の一員、シェイ・パトリック・コーマックは、植民地の未来を永遠に変える暗い変貌を遂げる。
危険な任務が悲劇的に失敗した後、シェイは暗殺者教団を裏切り、教団は彼の命を絶とうとする。
かつて兄弟と呼んだ者たちに見放されたシェイは、裏切った者たちをすべて排除し、歴史上最も恐れられる暗殺者狩りとなることを誓う。
これが『アサシン クリード ローグ』、シリーズで最も暗い章である。
シェイとして、暗殺者から暗殺者狩りへとゆっくりと変わっていく過程を体験する。
自らの信条に従い、ニューヨーク、川の野生の谷、そして北大西洋の氷冷の海へと旅立ち、究極の目的である暗殺者の打倒を目指す。