近い未来、すべての生命体を「同化」する未知の生物、アラガミが人類を生き延びるために隠れざるを得なくした。最後の希望は、「神喰らい」と呼ばれる恐れを知らぬ数名の者たちに託された。彼らは生物兵器「神機」を使い、バイオ化学企業「フェンリル」が開発した武器で敵に反撃する能力を持つ。
しかし、新たな脅威が現れた。空中に漂う新たな粒子「灰域」が広がり、あらゆる構造物を灰に変えてしまった。フェンリルのどの支部も「灰域」の侵攻に耐えられず、システム全体が崩壊した。
この脅威を生き延びるため、生存者たちは隠された場所に「砦」と呼ばれる地下基地を築いた。また、「灰域」に強い耐性を持つ新世代の兵士「適応型神喰らい(GEA)」を生み出し、人類の未来のために戦い続けている。