マリオとルイージはその内なる強さを見せます：キノコ王国を支配しようとする悪巧みの中で、ファウフルは魔法のキノコを食べてクッパを騙します。
そのキノコのせいでクッパは周囲のすべてを吸い込むようになり、マリオ、ルイージ、そしてピーチ姫までも吸い込んでしまいます。マリオブラザーズはピーチ姫を救い出し、脱出する勇気を持てるでしょうか？
ゲームの特徴：
プレイヤーは二つの異なる物語を操作します。一つはクッパが悪の大魔王に城を奪われないように奮闘する物語です。
同時に、クッパの体内では微生物サイズのマリオとルイージが挑戦を乗り越え、冷静さを保ちながら脱出の方法を探さなければなりません。
彼らはクッパの内側からこっそりと彼を操ろうとします。プレイヤーは自由に物語を切り替えることができます。
クッパの内側で起こることは外側の行動に影響を与えます。時にはマリオとルイージが裏方で謎解きや挑戦をクリアし、クッパが様々な障害を乗り越え物語を進める手助けをします。
プレイヤーは戦いや挑戦の最中にタイミングよくボタンを押して、パフォーマンスを向上させなければなりません。
一部の戦いではクッパが非常に大きくなり、プレイヤーはニンテンドーDSやニンテンドーDSi本体を回転させたり、マイクに息を吹きかけたり、タッチペンで画面を操作してアクションに対応します。
このゲームはマリオ＆ルイージシリーズの代名詞であるユーモアあふれる会話をそのまま収録しています。
