『ガンズ・オブ・ザ・パトリオット』から四年後、雷電は現在「マーベリック警備コンサルティング」と呼ばれる民間軍事警備会社に勤めている。世界は内戦から脱したはずだったが、新たにロボット化した小規模集団からの攻撃を受けている。
強力なサイボーグ、サムはアブハジア共和国の首相を暗殺することに成功する。サムは雷電を血に飢えた偽善者だと非難し、逆に彼を暗殺しようと試みる。
すぐに調査が進み、サムが「デスペラード・エンタープライズ」と呼ばれる民間軍事警備会社に所属し、アメリカとロシアの利害が絡む共和国の首都侵攻を開始していることが明らかになる。マーベリック警備会社は首都の無条件解放を可能にするために兵を派遣するよう要請される。雷電は新たな能力を得て再び任務に就き、復讐の準備を進めるのだった。
