新しい場所：ゆがみの世界：物語が進むにつれて、プレイヤーは謎めいた新しいゆがみの世界に出会います。これはこれまでのポケモンのゲームで見られたものとは異なる場所です。
この世界では通常の時間や空間のルールが通用せず、ポケモンの世界の限界を超えることができます。プレイヤーは空中に浮かぶ大地のかけらを飛び移り、横向きや逆さまに歩くことさえできます。
強大なギラティナが住むゆがみの世界は、どこか普通のポケモンの世界とつながっています。～バトルフロンティア：バトルフロンティア（ポケモンエメラルドで初登場）がシンオウ地方に追加され、五つの新しい戦いの施設がトレーナーたちのために用意され、それぞれに特別なルールがあります。
各施設は五人の新しいフロンティアブレイン（ジムリーダーに似たキャラクター）の一人が管理しています。各施設の新しい戦闘形式により、プレイヤーは新たな方法で対戦に挑むことができます。
Wi-Fiプラザ：プレイヤーは新しいWi-Fiプラザを探検できます。ここはポケモンの仮想遊園地で、三つの新しいミニゲームを含む多彩なアクティビティがあり、最大四人まで同時に競い合えます。
世界中から最大二十人のプレイヤーがWi-Fiプラザに集まり、ゲームを楽しんだり、パレードに参加したり、花火のショーを見ることもできます。
物語の強化：新しい登場人物が物語に加わります。ギンガ団の新しい司令官シャロン（彼らの基準でも怪しい人物）や、ギンガ団を追う潜入捜査官コードネーム・ルカリオが登場します。
ルカリオは冒険の間ずっとあなたを助けてくれます。ギンガ団は新たな計画を持ち、シンオウの三つの伝説の巨神ディアルガ、パルキア、ギラティナに狙いを定めています（この三匹が一緒に登場するのはこの作品が初めてです）。
