ライゼン２ - 暗き水域

ライゼンの終焉から数年後、激怒した巨人たちが世界を荒廃させ、人類を存亡の危機に追い込んだ。

その後、海の深みから怪物が現れ、その襲撃により航海はすべて停止した。

主人公は、今や異端審問会の一員として、深海の怪物たちが引き起こす混乱を終わらせる方法を探るために派遣される。

彼の旅は、南の島々を訪れる海賊たちだけが怪物を完全に退け、その恐怖の支配を終わらせる手段を知っているという噂から始まる。