時の守護者たちはフリンとスカイランダーたちの到来を予見し、何度も時間そのものが逆戻りする原因を探るために彼らの助けを求めました。
時の塔が突然時間を巻き戻すと、フリンは過去の自分と出会い、二人はすぐに友達になって現在へ戻ります。
現地に着くと、主な時の守護者と二人のフリンは、地元の悪い鳥クロックが新たに手に入れた機械の鎧を身にまとい、時間のトロールの軍勢と共に時計の町を支配し、時の塔を新たな拠点にしていることを知ります。
時計の町を取り巻く危険にもかかわらず、スカイランダーたちはクロックの古い巣から三つの色とりどりの歯車を取り戻しました。これらは時の塔に入って悪い鳥を止めるために必要なものでした。
中に入ると、彼らは時計の塔でクロックと対決し、機械の鎧を破壊して倒しました。クロックは復讐を誓い、よろめきながら時の塔から飛び去りました。
時間が正しく戻ると、現在のフリンと過去のフリンはそれぞれの時代に別れを告げ、「宇宙は一度にいくつかの素晴らしいことしか支えられない」と認め合い、二人とも最高だと確信しました。
