Met gelicentieerde vliegtuigen zoals de F-14D en de Tornado F3, en een strategisch KI-systeem waarbij de acties van de speler rechtstreeks invloed hebben op zijn missieopdrachten, stelt Ace Combat X: Skies of Deception de speler in staat de rol te spelen van een gevechtspiloot die probeert zijn thuisland, Aurelia, te bevrijden van zijn buur, Leasath.
Leasath, een land vol geheime motieven verborgen achter langdurige interne conflicten, heeft Aurelia binnengevallen en onder controle gebracht.
Als verdediger van het bezette land is het de missie van de speler om hen naar de strijdhemel te brengen om de vijand te verslaan en vrijheid en vrede in het vaderland te herstellen.
Om de lijst met functies compleet te maken, stelt Ace Combat X: Skies of Deception spelers in staat hun originele vliegtuigen aan te passen met onderdelen die in de campagne zijn vrijgespeeld, om zo hun vliegervaring verder te verbeteren.