Bionic Commando, ziet de terugkeer van Nathan "Rad" Spencer, bionisch verbeterd. De tijd is niet mild geweest voor Spencer.
Tien jaar na zijn heldhaftige nederlaag tegen de Keizerlijke troepen, wordt hij verraden door de regering en ter dood veroordeeld voor misdaden die hij niet heeft begaan.
Maar dan blazen terroristen een massief experimenteel wapen op in Ascension City, wat een hevige aardbeving veroorzaakt die de stad in puin legt, de bevolking uitroeit en het luchtafweersysteem van de stad onder controle brengt van een enorme terreurmacht.
Er blijft maar één optie over: een aanval achter de linies door een bionisch commando.
