In Crash Bandicoot: Mind Over Mutant neemt een hernieuwde Neo Cortex de wereld over, hersenen voor hersenen! Cortex en N. Brio bedenken een nieuw soort kwaad: een alleskunner voor tekstberichten die zowel de mutante geesten als de bandicoots beheerst.
Gewapend met zijn scherpzinnigheid en bliksemsnelle behendigheid moet Crash zijn vrienden, de reuzen, bevrijden en de situatie redden!