Je speelt Adam Jensen, een beveiligingsspecialist, zorgvuldig uitgekozen om de verdediging te leiden van een van Amerika's meest experimentele biotechnologiebedrijven.
Maar wanneer een zwart operatieteam een plan gebruikt dat jij hebt ontworpen om de wetenschappers te breken en te doden die jij bent ingehuurd om te beschermen, verandert alles wat je dacht te weten over je werk.
In een tijd waarin wetenschappelijke vooruitgang regelmatig atleten, soldaten en spionnen verandert in superverbeterde wezens, werkt iemand hard om ervoor te zorgen dat de evolutie van de mensheid een bepaalde weg volgt, en jij moet ontdekken waarom de beslissingen die je neemt en de keuzes die je maakt de enige dingen zijn die dat kunnen veranderen.