Mankind Divided speelt zich direct af na het voorval « Aug Incident », de dag waarop burgers wereldwijd met mechanische verbeteringen de controle over hun geest en lichaam verloren, wat leidde tot de dood van miljoenen onschuldigen.
We zijn nu in 2029, en het gouden tijdperk van verbeteringen is voorbij. Mechanisch verbeterde mensen worden als buitenstaanders gezien en geïsoleerd van de rest van de samenleving.
Misdaden en terroristische daden dienen om een wereldomvattend complot te verbergen dat gericht is op het beheersen van de toekomst van de mensheid.