Ongeveer 20 jaar na de gebeurtenissen beschreven in Deus Ex begint de wereld zich net te herstellen van een rampzalige neergang.
In deze chaotische periode van herstel zien verschillende religieuze en politieke facties een kans om een wereldregering naar hun eigen plannen te hervormen.
In deze technologische nachtmerrie neem je deel aan de duistere strijd om de wereld uit zijn eigen as te doen herrijzen. Met biotechnologische aanpassingen krijg je het vermogen om door muren heen te zien, tot 12 meter hoog te springen of kritieke verwondingen te genezen.
Of je nu de weg van geweld of geweldloosheid verkiest, Deus Ex: Invisible War biedt meerdere oplossingen voor problemen en maakt radicaal verschillende speelwijzen mogelijk.