Elebits is een actieavontuur waarin je Kay speelt, een kleine jongen die zich door iedereen in de steek gelaten voelt.
Op een dag dwingt een hevig onweer hem om op eigen kracht het licht weer aan te krijgen in een bijzondere woning, waar Elebits wonen, kleine lichtwezentjes op pootjes die door Kays ouders zijn uitgevonden.
Gewapend met een experimenteel pistool van zijn vader, help Kay om de stroom te herstellen tijdens de 30 levels van het spel.