Firefly Moeras is aan het sterven en de kikkers van de Raad der Ouderen hebben Frogger gevraagd het te redden!
Daartoe moet Frogger een uitputtende zoektocht ondernemen om de heilige elementen te verzamelen die nodig zijn om het moeras in leven te houden.
Deze elementen zijn gestolen door de kwaadaardige heer D en verspreid over vier gevaarlijke werelden.
Frogger moet door elke wereld reizen om de gestolen elementen terug te halen en de boosaardige handlangers van heer D te verslaan. Pas dan kan hij de Tempel van de Kikker betreden om de verraderlijke heer D het hoofd te bieden.
