In een nabije toekomst hebben onbekende wezens die alle levensvormen "opnemen", genaamd Aragami, de mensheid gedwongen zich te verbergen om te overleven. Een laatste hoop is gevestigd op enkele moedige individuen, de zogenaamde "God Eaters", die het vermogen hebben om terug te slaan tegen de vijand met het biologische wapen "Godswapen", ontwikkeld door het bio-chemische bedrijf "Fenrir".
Er is echter een nieuwe dreiging verschenen toen de "Aslanden", een nieuwe deeltje die in de lucht zweeft, zich heeft ontwikkeld en elke structuur in as heeft veranderd. Geen enkele vestiging van Fenrir kon de invasie van de "Aslanden" weerstaan, wat leidde tot het instorten van het hele systeem.
Om aan deze dreiging te ontsnappen, bouwden de overlevenden ondergrondse bases, genaamd "FORT", op verborgen plaatsen. Ze creëerden ook een nieuwe generatie soldaten, de "Adaptieve God Eaters" of "AGE", die een grote weerstand tegen de "Aslanden" hebben en blijven vechten voor de toekomst van de mensheid.
