Er zijn een miljoen verhalen in Liberty City. Dit verandert alles. Ooit was Toni Cipriani een vertrouwde wijze binnen de criminele familie Leone, maar hij werd gedwongen zich te verbergen nadat hij een vaste man had gedood. Nu is hij terug en is het tijd om de zaken recht te zetten.
De straten van Liberty City koken. Oorlogvoerende maffiosi vechten om de macht terwijl de stad zichzelf begint te vernietigen onder golven van politieke corruptie, georganiseerde misdaad, drugshandel en vakbondsstakingen. Niemand is te vertrouwen terwijl Toni probeert de chaos van de onderwereld in de stad op te ruimen.
Gestoorde huurmoordenaars, moreel verdorven magnaten, cynische politici en zelfs zijn eigen moeder staan hem in de weg terwijl Toni probeert de stad onder de controle van de Leone-familie te brengen.
Gedwongen om voor zijn leven te vechten in een odyssee die Liberty City tot in haar grondvesten zal doen schudden, moet Toni alle middelen gebruiken om zijn plaats aan het hoofd van de Leone-familie in een stad die te winnen is, veilig te stellen.