In Killzone: Liberation, twee maanden na de gebeurtenissen van "Killzone" (PS2), is het grootste deel van het zuiden van Vekta nog steeds onder controle van de Helghasten.
De regels van de oorlog zijn verworpen, generaal Helghast Metrac gebruikt brute middelen om het initiatief te nemen en zijn positie te versterken.
Als Tempelier worden spelers op missie gestuurd om een geheime operatie uit te voeren om de gijzelaars die door Metrac zijn gevangen te redden, terwijl de troepen van de ISA blijven vechten voor vrijheid.
Met een slim camerasysteem in de derde persoon biedt Killzone: Liberation spelers een tactischer overzichtspunt om hun actie te zien en het gedrag van de vijand tijdens het spel te lezen.