Gebaseerd op de boekenreeks en de speelfilm vertelt dit spel het verhaal van Violet, Klaus en Sunny Baudelaire, wiens ouders omkomen bij een brand.
Kort daarna worden zij gestuurd om te wonen bij hun sinistere oom, graaf Olaf, in een grottenachtig landhuis. Je kunt nu de wezen Baudelaire helpen door hun bijzondere vaardigheden te gebruiken om 15 opdrachten te volbrengen, van de diepe catacomben onder het landhuis van Olaf tot de donkere oevers van het Lachrymose-meer.
Raap huishoudelijke voorwerpen op en zet ze samen tot werktuigen om raadsels op te lossen en te vechten. Gebruik deze voorwerpen om de handlangers van Olaf te bestrijden.