Madagaskar: Operatie Pinguïn is een vervolg op het spel Madagaskar en stelt de pinguïns uit de film voor als hoofdpersonen.
Je doel is om de dieren te helpen ontsnappen uit de dierentuin van Central Park in New York via ondergrondse tunnels. Als privé-pinguïn gebruik je domme wapens om aan te vallen en de wereld rond te reizen.
Wanneer je een niveau hebt voltooid, open je een deel van een tunnel waar de pinguïns doorheen kunnen gaan.
Het spel is een zijwaarts scrollend platformspel dat vooral bedoeld is voor kinderen.
Naast het leren van nieuwe vaardigheden via voorwerpen, is het ook je doel om voorwerpen te verzamelen in elk niveau.
