Vier jaar na Guns of the Patriots werkt Raiden nu voor een particuliere militaire beveiligingsmaatschappij genaamd "Maverick Security Consulting".
Terwijl de wereld geacht wordt haar burgerconflicten te hebben overwonnen, wordt ze opnieuw aangevallen door robotachtige groeperingen.
Een machtige cyborg, Sam, slaagt er zelfs in de premier van de Republiek Abchazië te vermoorden. Sam beschuldigt Raiden ervan slechts een bloedlustige huichelaar te zijn en probeert hem op zijn beurt te doden.
Snel onthult een onderzoek dat Sam werkt voor een particuliere militaire onderneming genaamd "Desperado Enterprises" die de invasie van de hoofdstad van de Republiek is begonnen, waar Amerikaanse en Russische belangen verstrengeld zijn.
Het bedrijf Maverick Security wordt gevraagd zijn mannen te sturen om een compromisloze bevrijding van de hoofdstad mogelijk te maken. Raiden, nu voorzien van nieuwe vermogens, keert terug in dienst en bereidt zijn wraak voor?
