Solid Snake keert terug in Metal Gear Solid 2: Substance, de uitgebreide uitgave van Metal Gear Solid 2: Sons of Liberty, met gloednieuwe spelwijzen, verborgen personages en verhaallijnen. De technologie van topgeheime wapens wordt op mysterieuze wijze vervoerd onder de dekmantel van een olietanker naar een onbekende bestemming. Het is aan Snake om het transport te infiltreren en te voorkomen dat dit dodelijke massavernietigingswapen in verkeerde handen valt. Je hebt talloze manieren om te oefenen, want het spel biedt meer dan 350 virtuele realiteitsmissies naast meer dan 15 alternatieve opdrachten.