Metroid Prime is een actiegame in de eerste persoon die je in de huid van de beroemde premiejager Samus plaatst.
Een onbekende stof genaamd Phazon stort neer op de planeet Tallon IV en vernietigt daar de dieren- en plantengroei.
Ruimtepiraten proberen de Phazon te beheersen, Samus probeert hen tegen te houden.