Shao Kahn kwam als overwinnaar uit de vorige Mortal Kombat. Het Rijk van de Aarde bestaat niet meer.
In Mortal Kombat 3 moet je opnieuw de volgelingen van Shang Tsung bestrijden, evenals een geduchte tegenstandster, koningin Sindel.
Nieuwe bewegingen en de mogelijkheid om te rennen zijn toegevoegd aan dit deel dat de trilogie op de Super Nintendo afsluit.
