Ninja Blade is een actie/avonturenspel dat zich afspeelt in Tokio. Parasieten genaamd alpha-wormen zijn op mysterieuze wijze verschenen en veroorzaken een golf van vernietiging die zich snel naar het oosten uitbreidt en de kusten van Tokio bereikt.
Met de toekomst van de mensheid op het spel, wordt een exclusief elite-team met uiterst gespecialiseerde vaardigheden gevormd om de vijandige dreiging uit te schakelen en de mensheid te redden van totale uitroeiing.
