Op een noodlottige dag raakt een asteroïde de SS Dolphin en brengt het schip in een gevaarlijke duikvlucht. Gelukkig overleeft kapitein Olimar, het enige bemanningslid aan boord, de impact, maar hij raakt gestrand op een onbekende planeet zonder enige manier om naar huis terug te keren. Het is tijd om aan de slag te gaan!
De missie: de ontbrekende onderdelen van het schip terugvinden en de planeet verlaten. Als iemand dat kan, is het kapitein Olimar wel! Maar de tijd dringt vanwege de giftige atmosfeer van de planeet, en het vinden van 30 onderdelen in 30 dagen is een enorme klus voor één persoon. Gelukkig is Olimar niet alleen in dit avontuur…
De Pikmin zijn de sleutel tot succes! Gebruik hun gecombineerde kracht om obstakels te vernietigen, bruggen te bouwen, onderdelen van het schip te vervoeren en hongerige wezens uit te schakelen. Gooi ze gewoon op de objecten en kijk hoe ze het werk doen! Je kunt tot 100 Pikmin tegelijk aansturen, maar je kunt er meer veilig bewaren in je basis om ze te vervangen.
Elk type Pikmin heeft zijn eigen vaardigheden: de rode Pikmin zijn sterk in gevechten en immuun voor vuur, de gele Pikmin kunnen hoger worden gegooid en gebruiken explosieve stenen, en de blauwe Pikmin kunnen onder water ademen. Zet deze unieke talenten in om de planeet te verkennen en het schip van Olimar te repareren!