Nieuwe locaties: Verstoringswereld: Naarmate het verhaal zich ontvouwt, zullen spelers de mysterieuze nieuwe verstoringswereld ontmoeten, een gebied dat anders is dan wat eerder in een Pokémon-videospel te zien was.
De normale regels van tijd en ruimte gelden niet in deze wereld, waardoor het gebied de grenzen van de Pokémon-spelwereld kan verleggen. Spelers springen van stukken aarde die in de lucht zweven, lopen op de zijkant en zelfs ondersteboven.
De verstoringswereld, waar de machtige Giratina woont, is op de een of andere manier verbonden met de gewone Pokémon-wereld. ~ De Gevechtsgrens: Het Gevechtsgrensgebied (voor het eerst geïntroduceerd in Pokémon Emerald) is toegevoegd aan Sinnoh, met vijf nieuwe gevechtslocaties voor trainers, elk met hun eigen speciale regels.
Elke locatie wordt geleid door een van de vijf nieuwe Grensbreinen (personages vergelijkbaar met gymleraars). De nieuwe gevechtsvormen in elke locatie bieden spelers nieuwe manieren om elkaar uit te dagen.
Wi-Fi Plein: spelers kunnen het nieuwe Wi-Fi Plein verkennen, een virtueel Pokémon-pretpark vol activiteiten, waaronder drie nieuwe minispelen waar tot 4 spelers tegelijk tegen elkaar kunnen strijden.
Tot 20 spelers van over de hele wereld kunnen samenkomen op het Wi-Fi Plein om spellen te ontdekken, mee te doen aan optochten en zelfs een vuurwerkshow te bekijken.
Verbeterd verhaal: nieuwe personages voegen toe aan het verhaal, waaronder Charon, een nieuwe aanvoerder van het boosaardige Team Galactic (die zelfs volgens hun normen verdacht is) en een infiltrerende speurder, codenaam Looker, die Team Galactic op het spoor is.
Looker zal je gedurende je avontuur helpen. Team Galactic heeft een nieuw plan waarbij ze zich richten op de drie legendarische reuzen van Sinnoh: Dialga, Palkia en Giratina (de drie Pokémon verschijnen samen in dit spel voor het eerst).
