In Prince of Persia Rival Swords keert de prins terug naar huis in Babylon, vergezeld door Kaileena, de raadselachtige keizerin van de tijd, en met onuitsprekelijke littekens van het eiland van de tijd.
Maar in plaats van de vrede waar hij naar verlangt, treft hij zijn koninkrijk verwoest door oorlog en Kaileena als doelwit van een wreed complot.