De prins van Perzië keert terug naar zijn koninkrijk om het verwoest te vinden door oorlog en tegen hem gekeerd in Prince of Persia: The Two Thrones. Je kunt de prins spelen die de tijd buigt of zijn duivelse alter ego terwijl hij probeert terug te keren naar de troon die hem rechtmatig toekomt.
Nu zijn er twee verschillende personages, elk met hun eigen vaardigheden en achtergronden, terwijl je de stedelijke omgeving van Babylon verkent. Prince of Persia: The Two Thrones voegt nieuwe vermogens van Sands of Time toe en een geheel nieuw decor voor het derde hoofdstuk van het verhaal van Prince of Persia.
