Project Sylpheed is een schietspel. In de huid van Katana, een van de beste piloten van de aardse vloot, word je al snel geconfronteerd met je beste vriend, Margras, ook een uitzonderlijke ruimtevechter, die zich bij de rebellen heeft aangesloten nadat zijn planeet werd verwoest door de aardse wals.
Daarna volgen talrijke missies en gevechten in de ruimte, evenals verschillende nevenmissies.
